A partir de Septembre 2026, la LFSS 2026 introduit un encadrement inédit des arrêts de travail en France.
Pour la première fois, le législateur fixe un cadre plus strict sur la durée des arrêts maladie — avec des conséquences directes sur les indemnités journalières, la gestion des longues maladies en paie et les déclarations DSN.
Si vous avez des salariés en arrêt depuis plus d’un an, ou des situations de longue maladie qui traînent, c’est maintenant qu’il faut anticiper — pas en août.
Ce que la LFSS 2026 change sur les arrêts de travail
La loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 (LFSS 2026), adoptée le 16 décembre 2025, introduit plusieurs mesures concernant les arrêts de travail. L’objectif affiché est de lutter contre l’augmentation continue des absences longue durée et du coût qu’elles représentent pour l’Assurance maladie.
La mesure la plus structurante entre en vigueur en septembre 2026 : un encadrement plus strict des durées d’arrêt de travail, avec des conséquences sur le versement des indemnités journalières (IJ). Pour les arrêts maladie ordinaires, les IJ sont historiquement versées sans plafond de durée défini dans le droit commun — la LFSS 2026 vient cadrer ce mécanisme pour les situations de longue maladie.
Parallèlement, la LFSS 2026 a également durci les conditions d’attribution des arrêts de travail prescrits par téléconsultation — un frein supplémentaire sur le volume des arrêts courts, mais dont l’impact sur la gestion de paie est limité.
Conséquences pour les employeurs qui pratiquent la subrogation
La subrogation, c’est l’employeur qui maintient le salaire du salarié en arrêt et se fait ensuite rembourser les IJ par l’Assurance maladie. C’est un mécanisme avantageux pour le salarié, et courant dans les entreprises dont la convention collective l’impose (BTP, transport, industrie chimique, etc.).
Le problème avec les nouvelles règles LFSS 2026 : si les IJ cessent d’être versées à partir d’une certaine durée d’arrêt, l’employeur subrogateur ne peut plus se faire rembourser. Il continue à maintenir le salaire s’il est soumis à une obligation conventionnelle de maintien — mais sans contrepartie de l’Assurance maladie. Le surcoût peut être massif sur les longues maladies.
Dès maintenant, il est donc utile d’identifier, dans vos effectifs, les salariés en arrêt depuis plus de 12 mois, de vérifier quelle convention collective s’applique et quel est le niveau de maintien de salaire obligatoire, et d’évaluer l’exposition financière de l’entreprise à partir de septembre 2026.
Déclaration en DSN : ce qui change sur les arrêts de longue durée
En DSN, les arrêts de travail sont déclarés via le bloc S21.G00.60 (signalement d’arrêt de travail) et S21.G00.65 (reprise suite à arrêt). La fin du versement des IJ par l’Assurance maladie ne génère pas automatiquement une action DSN spécifique — c’est à l’employeur de gérer la transition entre la subrogation active et la situation post-IJ.
Un point de vigilance concrète : si un salarié atteint la durée maximale d’IJ en cours d’arrêt, la CARSAT pourra basculer vers une invalidité de catégorie 1, 2 ou 3. Ce basculement doit être suivi dans la DSN — le code motif de suspension change, et certaines cotisations (cotisations AT notamment) peuvent être suspendues ou modifiées. Un paramétrage incorrect dans le logiciel de paie génère des anomalies détectées par le CRM URSSAF, avec risque de redressement ultérieur.
Anticiper dès maintenant : le bilan à faire avant septembre 2026
Il faut avant l’automne mettre à jour les paramètres d’un logiciel de paie, former les gestionnaires RH et négocier d’éventuels avenant conventionnels. Voici les actions concrètes à engager maintenant.
- inventoriez les salariés en arrêt long. Tout arrêt dépassant 6 mois au 25 mai 2026 est potentiellement concerné par les nouvelles règles si l’arrêt se prolonge jusqu’en septembre.
- vérifiez l’obligation de maintien de salaire dans la CCN applicable : si la CCN prévoit un maintien de salaire au-delà des IJ versées par l’Assurance maladie, anticipez l’impact budgétaire.
- contactez votre éditeur de logiciel de paie pour confirmer qu’une mise à jour des paramètres DSN sera disponible avant septembre 2026 — Cegid, Sage, ADP, Silae, PayFit ont chacun leurs propres calendriers de mise à jour réglementaire.
Et si vous avez un doute sur la bonne déclaration des arrêts en cours dans vos DSN, un audit des données déclarées est le moyen le plus rapide de corriger avant que l’URSSAF ne le fasse à votre place — via la procédure de DSN de substitution active depuis mars 2026.
FAQ
La LFSS 2026 supprime-t-elle les IJ pour tous les arrêts de longue durée ?
Non. Les nouvelles règles encadrent la durée maximale de versement des IJ, mais des droits liés aux AT/MP, à la maladie professionnelle ou à une convention collective restent applicables indépendamment. Le détail du plafond exact est précisé dans les décrets d’application publiés en début 2026 — consultez le BOSS sur boss.gouv.fr pour la version consolidée.
Les règles LFSS 2026 s’appliquent-elles aux arrêts déjà en cours au 1er septembre 2026 ?
La question du régime transitoire est centrale. En général, les textes LFSS prévoient que les arrêts déjà en cours au moment de l’entrée en vigueur continuent sous les règles antérieures, mais ce point doit être vérifié sur le décret d’application précis. Pour les situations à la limite, anticipez en consultant la CPAM compétente.
Que se passe-t-il si l’employeur maintient le salaire mais ne reçoit plus d’IJ ?
L’employeur qui maintient le salaire au-delà des IJ versées par la CPAM absorbe seul le coût résiduel. Certaines prévoyances collectives couvrent ce cas — vérifiez votre contrat de prévoyance et les conditions de prise en charge à partir du 4e mois d’arrêt.
Comment repérer un salarié dont les IJ vont cesser avant le changement de statut en invalidité ?
La CPAM envoie normalement un courrier au salarié et à l’employeur à l’approche de la limite. En pratique, ce courrier arrive souvent en retard. Un suivi manuel par le service paie, ou une alerte paramétrable dans votre logiciel RH (Silae, Cegid, PayFit proposent ce type d’alerte), reste indispensable.
Y a-t-il un impact sur les cotisations de prévoyance en cas de changement de statut ?
Oui. Le passage en invalidité modifie l’assiette de calcul des cotisations de prévoyance et peut suspendre certaines garanties. Vérifiez le contrat de prévoyance collective de l’entreprise et informez le prestataire (AG2R, Malakoff Humanis, Pro BTP, etc.) dès que le changement de statut est confirmé par la CPAM.
La LFSS 2026 ne chamboulera pas la paie du jour au lendemain, mais elle crée des situations nouvelles sur les longues maladies — des situations que les logiciels de paie ne gèrent pas encore tous correctement, et que les DSN déclarées depuis le début de l’année ne reflètent pas forcément bien. Mieux vaut faire le point maintenant, quand il reste du temps pour corriger.
Auditez vos déclarations DSN sur les arrêts en cours avec le Lecteur Cobham et repérez les anomalies avant que l’URSSAF ne le fasse.
Voir aussi : Congés payés pendant un arrêt maladie : obligations de l’employeur
et Quand déclarer une suspension temporaire du contrat de travail en DSN ?