La question du chevauchement entre arrêt maladie et congés payés revient régulièrement dans les entreprises. Que se passe-t-il lorsqu’un salarié tombe malade avant ou pendant ses vacances ? Le droit français prévoit certaines règles, mais il reste aujourd’hui en décalage avec les exigences européennes. La Commission européenne vient d’ailleurs de mettre la France en demeure de modifier sa législation.
La France rappelée à l’ordre par la Commission européenne
Le 18 juin 2025, la Commission européenne a ouvert une procédure d’infraction contre la France. Elle estime que la législation nationale ne garantit pas aux salariés la possibilité de reporter les congés payés tombant sur une période d’arrêt maladie. Or, la directive européenne sur le temps de travail impose que congés payés et arrêt maladie ne se superposent pas.
La France dispose de deux mois pour répondre et modifier son droit. À défaut, elle s’expose à une saisine de la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE), avec la possibilité de sanctions financières (astreintes, amendes forfaitaires).
Concrètement, cela signifie que les employeurs devront peut-être adapter prochainement la gestion des congés payés, en cas de réforme forcée par Bruxelles.
Maladie avant la période de congés : un report obligatoire
Actuellement, lorsqu’un salarié est placé en arrêt maladie avant le début de ses congés payés, ces derniers sont automatiquement reportés. L’employeur est tenu d’accorder au salarié une nouvelle période de repos, soit dans le calendrier en cours, soit ultérieurement.
En cas de refus, l’entreprise s’expose à une condamnation avec versement de dommages et intérêts pour réparation du préjudice. À ce stade, la législation française est donc conforme au droit européen.
Maladie pendant les congés : une insécurité juridique pour les entreprises
Le problème apparaît lorsque l’arrêt maladie intervient alors que le salarié est déjà en congé. Selon la CJUE, le congé payé doit être une période de repos et de loisirs ; le salarié devrait donc pouvoir reporter ses jours s’ils coïncident avec un arrêt maladie.
Mais le Code du travail français ne prévoit aucun mécanisme automatique de report dans ce cas. Les congés sont considérés comme consommés, même si l’arrêt couvre toute la période. Seules certaines conventions collectives prévoient des dispositions spécifiques. La jurisprudence française confirme d’ailleurs cette interprétation : l’absence est rattachée aux congés payés et non à la maladie.
Pour les employeurs, cette situation a l’avantage de la simplicité (les congés sont considérés comme pris), mais elle risque de devenir rapidement contraire au droit européen. Cela pourrait entraîner des contentieux si les juridictions françaises sont amenées à aligner leur position sur celle de la CJUE.
La réforme de 2024 : un progrès limité
Depuis avril 2024, les salariés en arrêt maladie, y compris pour une cause non professionnelle, acquièrent deux jours ouvrables de congés payés par mois d’absence. Ce droit est conditionné à la reprise du travail et limité à une période de report de 15 mois.
Cette réforme a corrigé une anomalie longtemps critiquée, mais elle ne règle pas la question des congés tombant pendant un arrêt maladie survenu en vacances. Ce point reste donc une faille importante dans le droit français.
Quelles conséquences pratiques pour les employeurs et leurs conseils ?
Si la législation française est modifiée sous pression de l’Union européenne, les employeurs devront mettre en place un dispositif de report automatique des congés payés coïncidant avec un arrêt maladie. Cela suppose :
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une révision des procédures internes de gestion des congés,
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une adaptation des logiciels de paie et de suivi RH,
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une anticipation des coûts liés à la reprogrammation des congés,
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un risque accru de contentieux si l’employeur refuse ou tarde à accorder le report.
Pour les experts-comptables et les avocats, il s’agit d’un sujet à suivre de près. Il faudra informer les entreprises des évolutions réglementaires et adapter leurs pratiques pour éviter tout risque de condamnation prud’homale ou administrative.