Une vérification de comptabilité, un examen de comptabilité à distance et un examen de conformité fiscale n’ont ni le même objet ni les mêmes garanties. Pour préparer un contrôle, commencez par identifier la procédure indiquée dans le courrier reçu et les exercices concernés.
La vérification de comptabilité : définition et types
La vérification de comptabilité, prévue à l’article L13 du Livre des procédures fiscales (LPF), confronte la comptabilité de l’entreprise à des données de fait afin de contrôler ses déclarations. Elle peut concerner notamment l’impôt sur les sociétés, les bénéfices professionnels soumis à l’impôt sur le revenu, la TVA ou les droits d’enregistrement liés à l’activité.
La doctrine fiscale distingue plusieurs périmètres :
- Complète : la comptabilité est examinée dans son ensemble pour toute la période non prescrite, à l’aide de renseignements internes et externes à l’entreprise.
- Étendue : une vérification de comptabilité est menée parallèlement à un examen contradictoire de la situation fiscale personnelle de l’exploitant ou des principaux dirigeants. Le contrôle personnel ne consiste pas à leur transposer automatiquement les rectifications de l’entreprise.
- Ponctuelle : l’examen porte sur certains postes, un impôt déterminé ou une période plus courte que le délai normal de reprise.
Examen de comptabilité à distance et contrôle sur pièces
L’examen de comptabilité prévu à l’article L13 G est une procédure distincte, réalisée depuis les bureaux de l’administration à partir du fichier des écritures comptables (FEC). Une vérification de comptabilité délocalisée dans les locaux de l’administration ne devient pas pour autant un examen de comptabilité.
En cas d’examen de comptabilité, l’entreprise dispose de 15 jours à compter de la réception de l’avis pour transmettre son FEC conforme. L’administration doit ensuite adresser une proposition de rectification ou informer de l’absence de rectification au plus tard six mois après la réception des fichiers, selon l’article L47 AA.
Le contrôle sur pièces consiste, quant à lui, à examiner les déclarations et les renseignements détenus par le service. Il ne faut pas lui appliquer automatiquement toutes les garanties propres à une vérification de comptabilité.
Le contrôle demandé par l’entreprise
Le contrôle sur demande de l’article L13 C permet aux entreprises éligibles de solliciter un contrôle sur des points précisément identifiés, y compris pour un exercice en cours. Il n’est pas réservé aux cessions d’entreprise. Les seuils de chiffre d’affaires sont de 1,5 million d’euros pour les activités de vente et de logement visées par le texte, et de 450 000 € pour les autres entreprises.
Les opérations ainsi réalisées ne constituent pas une vérification de comptabilité. L’article L13 CA prévoit également une extension à toutes les entreprises pour certains crédits d’impôt de recherche.
Examen de conformité fiscale : un audit préventif
L’examen de conformité fiscale (ECF), créé par le décret n° 2021-25 du 13 janvier 2021, permet de confier à un prestataire un audit de points fiscaux définis. Il est accessible indépendamment de la taille de l’entreprise et porte sur un exercice.
L’ECF ne met pas l’entreprise à l’abri d’un contrôle ni d’un rappel d’impôt. Si un rappel concerne un point validé, elle peut demander le remboursement de la part d’honoraires correspondante. L’absence de pénalité et d’intérêt de retard suppose notamment qu’elle ait, de bonne foi, suivi les recommandations du prestataire figurant dans le compte rendu de mission. La simple validation d’un point ne suffit pas à garantir cette protection.
Les garanties à vérifier dès réception de l’avis
Avant l’examen au fond, l’entreprise doit être informée par l’envoi ou la remise d’un avis indiquant les années vérifiées et la faculté d’être assistée par un conseil. L’avis mentionne également l’accès à la charte des droits et obligations du contribuable vérifié. Un contrôle inopiné peut commencer par des constatations matérielles ; il ne permet pas d’examiner immédiatement la comptabilité au fond sans délai pour se faire assister.
Un report de la première intervention ne nécessite pas, à lui seul, un nouvel avis. L’entreprise doit cependant être informée de la nouvelle date en temps utile.
La vérification a en principe lieu sur place. Depuis le 1er janvier 2024, elle peut aussi se tenir dans un lieu choisi d’un commun accord ; à défaut d’accord, l’administration peut décider de la conduire dans ses locaux. Le lieu retenu ne supprime pas le droit à un débat oral et contradictoire.
Durée du contrôle et recours
L’article L52 limite à trois mois la vérification sur place de certaines entreprises répondant aux seuils légaux de chiffre d’affaires ou de recettes. Ce délai ne s’applique pas indistinctement à toutes les PME ni à l’ensemble des procédures fiscales.
Des exceptions existent : graves irrégularités comptables, activité occulte ou flagrance fiscale, notamment. La remise du FEC et les traitements informatiques peuvent aussi suspendre ou proroger le délai dans les conditions légales. Une durée supérieure à trois mois n’entraîne donc pas systématiquement la nullité de l’imposition.
En cas de difficulté pendant le contrôle, la charte prévoit un recours au supérieur hiérarchique puis, le cas échéant, à l’interlocuteur désigné. Ses dispositions sont opposables à l’administration. Après la réponse aux observations du contribuable, les recours sur les rectifications maintenues obéissent à un délai de 30 jours, dans les conditions précisées par la charte ; ils ne doivent pas être confondus avec une réclamation contentieuse.
Comment le contrôle se termine-t-il ?
Les rectifications envisagées doivent pouvoir être discutées avec le vérificateur. Lorsqu’une procédure contradictoire de rectification est engagée, une proposition motivée est adressée au contribuable.
En l’absence de rectification, l’administration informe l’entreprise des résultats du contrôle par un avis d’absence de rectification. Elle n’a pas à envoyer une proposition de rectification fictive. Cette distinction résulte de l’article L49 du LPF.
Pour préparer les échanges, rassemblez l’avis, les fichiers comptables, les pièces justificatives et une chronologie des demandes et réponses. Vérifiez chaque délai à partir du courrier reçu et de la procédure applicable.
Sources : distinction officielle des contrôles fiscaux, garanties et conditions de l’ECF, article L52 : durée et exceptions, article L49 : information sur les résultats et charte du contribuable vérifié.