Un professionnel assujetti à la TVA dont les opérations sont exonérées (soins médicaux, enseignement, formation professionnelle continue, certaines opérations immobilières, financières ou associatives) n’a pas à émettre de factures électroniques ni à transmettre d’e-reporting pour ces opérations exonérées au titre des articles 261 à 261 E du CGI. En revanche, il doit être en mesure de recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs depuis le 1er septembre 2026, comme toute entreprise assujettie, et il redevient pleinement concerné pour ses éventuelles opérations taxables. Ces mêmes structures sont souvent redevables de la taxe sur les salaires, ce qui relie directement leur situation au regard de la TVA à leur paie.
Trois statuts à ne pas confondre
| Statut | Définition | Réception | Émission / e-reporting |
|---|---|---|---|
| Non assujetti | Ne réalise pas d’activité économique au sens de la TVA (ex. association non lucrative respectant les critères de gestion désintéressée) | Non concerné en principe | Non concerné |
| Assujetti exonéré | Activité économique, mais opérations exonérées par un texte (articles 261 à 261 E) | Obligatoire | Non, pour les opérations exonérées |
| Assujetti partiel (redevable partiel) | Opérations exonérées et opérations taxées | Obligatoire | Oui pour les opérations taxables, selon le calendrier |
L’erreur la plus fréquente consiste à confondre « exonéré » et « hors champ » : une opération exonérée reste dans le champ de la TVA ; c’est l’exonération qui la sort de l’obligation d’émettre une facture électronique, pas l’absence d’assujettissement.
Les principaux cas
Professions de santé
Les soins dispensés par les professions médicales et paramédicales réglementées sont exonérés (article 261, 4-1° du CGI). Le médecin, le kinésithérapeute ou l’infirmier n’émettent pas de factures électroniques pour leurs actes de soins. En revanche, ils reçoivent des factures électroniques pour leurs achats et doivent émettre pour d’éventuelles prestations taxables à des professionnels (expertises non thérapeutiques, location de matériel, sous-location de locaux, formations dispensées à titre taxable), à compter du 1er septembre 2027 pour les petites structures.
Organismes de formation
La formation professionnelle continue peut être exonérée sous conditions (attestation de l’administration, organisme déclaré). L’organisme exonéré n’émet pas de factures électroniques pour ces prestations, mais il doit le faire pour ses opérations taxables (vente de supports, prestations de conseil, location de salles).
Associations
Une association non lucrative non assujettie n’est pas concernée. Une association qui exerce des activités lucratives exonérées est assujettie exonérée : réception obligatoire, pas d’émission pour les opérations exonérées. Si elle dispose d’activités lucratives taxables, elle entre dans le dispositif pour ces activités. Le diagnostic doit être fait activité par activité.
Opérations immobilières, bancaires et d’assurance
Les locations nues à usage d’habitation, les opérations bancaires et financières exonérées et les opérations d’assurance (article 261 C) suivent la même logique d’exclusion pour les opérations exonérées.
Le lien avec la paie : la taxe sur les salaires
Les employeurs qui ne sont pas assujettis à la TVA, ou qui ne l’ont pas été sur au moins 90 % de leur chiffre d’affaires au titre de l’année précédente, sont redevables de la taxe sur les salaires (article 231 du CGI). C’est le cas de nombreux cabinets médicaux employeurs, cliniques, organismes de formation exonérés, associations et établissements financiers.
- La taxe est assise sur les rémunérations, selon un barème progressif par tranches de salaire, avec un abattement pour certaines associations.
- Pour les assujettis partiels, elle est calculée en appliquant à la masse salariale le rapport d’assujettissement (chiffre d’affaires non soumis à TVA / chiffre d’affaires total).
- Elle se déclare et se paie auprès de l’administration fiscale, en parallèle de la DSN, avec une déclaration annuelle de liquidation et de régularisation.
Exemple chiffré
Un organisme de formation réalise 1 000 000 € de chiffre d’affaires, dont 700 000 € de formations exonérées et 300 000 € de prestations de conseil taxables. Son rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires est de 70 %. Sur une masse salariale de 600 000 €, seuls 70 % des rémunérations, soit 420 000 €, entrent dans l’assiette de la taxe, avant application du barème par tranche. Si une partie de l’activité de formation perd son exonération, la TVA augmente mais le rapport diminue : les deux sujets doivent être analysés ensemble.
La facture électronique rend ces données plus visibles : la part des opérations taxables déclarées via les plateformes et l’e-reporting pourra être rapprochée du rapport retenu pour la taxe sur les salaires.
Ce qu’il faut faire concrètement
- Cartographier les activités : exonérées, taxables, hors champ.
- Choisir une plateforme agréée pour la réception, même si toutes les ventes sont exonérées.
- Paramétrer la facturation des opérations taxables pour l’émission électronique, au plus tard à la date applicable à la taille de l’entreprise.
- Vérifier le calcul du rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires et sa cohérence avec les flux de facturation.
- Suivre l’évolution des textes : la codification des règles de TVA est en cours de transfert vers le code des impositions sur les biens et services, ce qui modifie les références d’articles à citer.
Sur le rôle du cabinet comptable dans la réforme, voir facture électronique en cabinet comptable, et sur les associations employeuses, notre article dédié aux associations employeuses.
Les erreurs à éviter
- Ne rien faire au motif que l’activité est exonérée : la réception reste obligatoire et les achats arriveront par les plateformes.
- Émettre des factures électroniques pour des actes exonérés en appliquant une TVA à tort, par un mauvais paramétrage du logiciel.
- Oublier les activités accessoires taxables (sous-location, vente de produits, prestations de conseil) qui, elles, entrent dans la réforme.
- Figer le rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires d’une année sur l’autre sans le recalculer à partir du chiffre d’affaires réel.
Un diagnostic annuel, mené au moment de la clôture, permet de traiter ces quatre points ensemble.
FAQ
Un médecin doit-il émettre des factures électroniques ?
Non pour ses actes de soins exonérés. Oui pour d’éventuelles prestations taxables à des professionnels assujettis établis en France, selon le calendrier applicable. Il doit dans tous les cas pouvoir recevoir des factures électroniques.
Une association non assujettie doit-elle choisir une plateforme ?
En principe non, si elle n’est pas assujettie à la TVA. Si elle exerce des activités lucratives, même exonérées, elle doit pouvoir recevoir des factures électroniques.
Les opérations exonérées sont-elles soumises à l’e-reporting ?
Non, les opérations exonérées au titre des articles 261 à 261 E sont exclues à la fois de l’e-invoicing et de l’e-reporting.
Quel rapport entre exonération de TVA et taxe sur les salaires ?
Un employeur qui n’est pas soumis à la TVA sur au moins 90 % de son chiffre d’affaires est redevable de la taxe sur les salaires, en proportion de la part non soumise à TVA.
Vérifier la taxe sur les salaires et la paie
Pour les structures exonérées, la taxe sur les salaires est souvent le poste social le moins contrôlé, alors qu’il dépend directement de la paie et de la répartition du chiffre d’affaires. Cobham vérifie l’assiette, le rapport d’assujettissement et la cohérence avec la DSN dans le cadre de son audit de paie et de son accompagnement DSN.
Sources
- Code général des impôts, art. 231, 261 à 261 E, 289 bis et 290 – Légifrance.
- impots.gouv.fr, « E-invoicing : la facturation électronique » (opérations exclues) et fiches pratiques de la DGFiP (associations, professions de santé).
- BOFiP, BOI-TPS-TS (taxe sur les salaires) – bofip.impots.gouv.fr.